Reiniging wordt beschouwd als de meest cruciale stap in de decontaminatieprocedure.

“Een grondige reiniging is vereist alvorens hoog-niveau desinfectie en sterilisatie omdat anorganische en organische materialen die achterblijven op de oppervlakken van instrumenten de werkzaamheid verstoren van deze processen.“
(Rutala and Weber, 2016)⁴

Als de reinigingsstap gecompromitteerd is, wordt de daaropvolgende desinfectiestap waarschijnlijk nadelig beïnvloed. Reiniging is van bijzonder belang voor UV-C-systemen, waarbij tijdens de desinfectie geen enkele handmatige actie wordt toegepast. Als de reiniging niet-correct werd uitgevoerd, blijft het vuil na blootstelling aan UV-C desinfectie gewoon achter, waardoor het desinfectieproces niet langer doeltreffend is. Bij handmatige processen, zoals desinfectie door wrijving, is er daarentegen sprake van mechanische actie. Hierdoor kan het resterende vuil gemakkelijker worden verwijderd.

Het is essentieel dat reinigingsmiddelen via na-spoeling grondig van het apparaat verwijderd worden vooraleer te desinfecteren met UV-C. Tevens dient het oppervlak van het apparaat volledig droog te zijn voordat het wordt geplaatst in een UV-machine. Achtergebleven vocht op het oppervlak kan de afgifte van de vereiste UV-dosis aan het oppervlak verhinderen.